난임시술비 지원 신청 순서, 서류와 횟수 계산법

난임시술비 지원은 시술을 시작하기 전에 보건소에서 ‘지원결정통지서’를 받아 병원에 내야 받을 수 있다. 순서가 바뀌면 이미 쓴 비용은 거슬러 받지 못한다. 소득기준과 나이별 금액 차등은 지금 기준으로 없어졌고, 출산 한 번에 최대 25회까지 쓸 수 있다.

문제는 이 25회가 어떻게 깎이는지, 서류는 무엇을 언제 떼야 하는지가 보건소 안내문마다 조금씩 다르게 적혀 있다는 점이다.

이 글은 찾기쉬운 생활법령정보(2026년 9월 15일 기준)와 서울 자치구 보건소 안내문(2026년 7~8월 수정본)을 나란히 놓고, 신청 순서·서류·횟수·연말정산까지 한 번에 정리한다.

지원 대상, 지금 남아 있는 조건은?

난임시술비 지원은 소득을 보지 않는다. 남은 조건은 진단서, 혼인관계, 국적·건강보험 세 가지다.

찾기쉬운 생활법령정보에 정리된 요건을 그대로 옮기면 이렇다.

• 난임진단서 — 의사가 난임시술이 필요하다고 판단해 발급한 진단서
• 혼인관계 — 법적 혼인 상태이거나, 신청일 기준 1년 이상 사실상 혼인관계를 유지 중인 부부
• 국적·보험 — 부부 중 최소 한 명은 대한민국 국적(주민등록 필수), 부부 모두 건강보험 가입과 보험료 고지가 확인될 것

예전 안내문을 보면 기준 중위소득 180% 같은 소득 줄이 있었다. 지금 생활법령 정보에는 그 줄이 없고, 서울 도봉구 보건소도 “소득기준, 거주기간 제한 없음”이라고 적고 있다.

나이 차등도 마찬가지다. 한동안 만 45세 이상은 1회 지원 한도가 더 낮았는데, 생활법령정보는 “연령구분은 폐지”라고 명시한다. 검색하면 아직 45세 이상 90만원이라고 적힌 글이 많이 나오니, 날짜를 꼭 보고 읽어야 한다.

1회에 얼마까지 나오나? 금액표와 직접 계산

시술 종류별 1회 상한은 신선배아 110만원, 동결배아 50만원, 인공수정 30만원이다. 이 금액을 통째로 주는 게 아니라 본인이 낸 돈의 일정 비율을 상한까지 채워 주는 구조다.

서울 자치구 보건소 안내문은 지원 범위를 “일부·전액본인부담금의 90%, 비급여 3종, 약제비”로 적는다. 건강보험이 적용된 뒤 남은 본인부담 중 90%를 상한 안에서 주는 셈이다.

실제로 얼마가 내 주머니에서 나가는지는 “본인부담금 × 90%”와 “상한” 중 작은 쪽이 지원금이 된다는 점만 알면 계산된다. 아래는 본인부담금을 가정해 넣고 직접 계산해 본 표다. 병원비 자체는 병원·주기마다 크게 달라서, 가정 숫자는 계산 방법을 보여 주는 용도로만 봐야 한다.

표를 만들어 보면 갈리는 지점이 보인다. 신선배아는 본인부담이 약 122만원을 넘는 순간부터 상한에 걸리고, 그 위로는 한 푼도 더 나오지 않는다. 동결배아는 약 56만원, 인공수정은 약 33만원이 그 경계다.

상한에 걸린 금액부터는 전부 본인 몫이다. 이 부분이 5번 섹션의 세액공제 대상이 된다.

25회는 어떻게 차감되나

난임시술비 지원 횟수는 출산 한 번을 기준으로 25회다. 아이를 낳으면 다음 아이를 위해 다시 25회가 생긴다.

헷갈리는 건 안쪽 구분이다. 안내문을 나란히 놓고 보니 표현이 두 갈래로 나뉜다.

쉽게 말해 서울은 인공수정을 다섯 번 다 쓰지 않았어도 남은 횟수를 체외수정에 돌려 쓸 수 있게 시 예산으로 메워 둔 것이다. 다른 시도는 이 보충이 있는지 주소지 보건소에 물어봐야 한다.

또 하나, 시술 도중에 멈추는 경우다. 서울 자치구 안내문에는 2025년 1월 1일부터 공난포, 미성숙 난자, 자궁내막 불량, 조기배란처럼 의학적 이유로 시술을 중단해도 비용을 지원하고 횟수는 차감하지 않는다고 적혀 있다. 개인 사정으로 그만둔 경우는 빠진다.

신청 순서 6단계와 준비 서류

난임시술비 지원 신청은 시술마다 따로 한다. 한 번 결정통지서를 받았다고 25회 내내 쓰는 구조가 아니다.

1. 병원에서 난임진단서 발급 — 시술이 필요하다는 의사 소견이 들어간 진단서다.
2. 주민센터·정부24에서 서류 발급 — 아래 체크리스트 참고.
3. 보건소 신청 — 여성의 주소지 관할 시·군·구 보건소에 방문하거나 정부24·e보건소 공공보건포털로 온라인 신청한다.
4. 지원결정통지서 받기 — 이 통지서가 나온 날 이후 생긴 비용만 지원된다.
5. 3개월 안에 시술 시작 — 통지서 유효기간은 발급일부터 3개월이고, 그 안에 시술이 시작돼야 한다.
6. 병원에 통지서 제출 — 시술 시작 전에 병원에 내면 병원이 지원분을 빼고 본인부담만 받는다.

순서에서 가장 많이 틀리는 곳이 4번과 6번 사이다. 예약일이 잡혀 있는데 통지서가 아직 안 나왔다면, 시술 시작일을 미룰 수 있는지 병원과 먼저 상의하는 게 맞다. 통지서 없이 시작한 주기는 나중에 서류를 내도 지원받기 어렵다.

서류는 도봉구 보건소 안내문 기준으로 정리하면 아래와 같다. 온라인 신청은 일부 서류를 행정정보 공동이용으로 대신하기도 해서, 보건소마다 실제 요구 서류가 조금 다를 수 있다.

부부가 주소를 따로 둔 경우가 의외로 많다. 신청 보건소는 여성 주소지 기준이라, 남편 쪽 주소지 보건소에 가면 돌려보낸다.

지원받고 남은 본인부담금, 세액공제로 돌려받기

보건소 지원을 받고도 남은 본인부담은 연말정산 의료비 세액공제로 일부 돌려받는다. 난임시술비는 공제율이 30%로 일반 의료비(15%)의 두 배이고, 한도도 없다.

국세청 특별세액공제 안내를 보면 의료비 공제는 총급여의 3%를 넘는 부분부터 계산한다. 난임시술비도 이 3% 문턱은 그대로 적용된다. 이 문턱을 난임시술비에 한해 없애자는 개정 논의가 기사로 나왔지만, 확정됐다는 공고는 아직 찾지 못했다.

간단히 계산해 보면 감이 온다. 총급여 5,000만원인 사람이 한 해 동안 난임시술로 본인부담 200만원을 냈고 다른 의료비가 없다고 가정하자.

문턱 150만원이 생각보다 크다. 그래서 부부 중 총급여가 낮은 쪽으로 의료비를 모으는 방법이 자주 거론된다. 누구 쪽이 유리한지는 아래 관련 글에서 따로 계산해 뒀다.

하나 더 짚어 둘 부분이 있다. 보건소 지원금으로 충당된 부분은 본인이 낸 돈이 아니니 공제 대상에서 빠진다고 보는 게 맞다. 간소화 자료에 잡힌 금액이 실제 결제액과 다르면 병원 영수증으로 대조해 보자.

자주 묻는 질문

만 45세 이상도 난임시술비 지원 금액이 같나요?

찾기쉬운 생활법령정보(2026년 9월 15일 기준)는 연령 구분이 폐지됐다고 안내한다. 신선배아 110만원, 동결배아 50만원, 인공수정 30만원 상한이 나이와 관계없이 같다. 예전 글의 45세 이상 90만원 기준은 지금 기준이 아니다.

이미 시술을 시작했는데 지금 신청해도 되나요?

지원결정통지서 발급일 이후 생긴 비용만 지원된다. 이미 시작한 주기는 지원받기 어렵고, 다음 주기부터 시작 전에 신청해 통지서를 병원에 내야 한다.

이사하면 남은 지원 횟수는 어떻게 되나요?

횟수는 출산당 25회 기준으로 이어서 센다. 다만 신청은 새 주소지 보건소에서 해야 하므로, 이사 후 첫 신청 때 이전 사용 횟수가 맞게 반영됐는지 보건소에 확인하는 것이 좋다.

출처

• 찾기쉬운 생활법령정보 — 난임부부 시술비 (대상·금액·연령구분 폐지, 2026.9.15 기준)
• 강남구보건소 — 난임부부 시술비 지원 (횟수·시술중단 지원·통지서 유효기간)
• 서울시 — 난임부부 시술비 지원사업
• 국세청 — 특별세액공제 (의료비)
• e보건소 공공보건포털 — 온라인 신청

✍️ Alex Kim · 에디터 (2026년 10월 1일 기준 찾기쉬운 생활법령정보·서울시·강남구·도봉구 보건소·국세청 공개 자료 정리. 의료·세무 자문이 아니며, 지원 횟수와 지자체 추가 지원 여부는 여성 주소지 관할 보건소 확인이 원칙이다.)